No fim da Idade Média, o crescente desprestígio da Igreja do Ocidente, mais interessada no próprio enriquecimento material do que na orientação espiritual dos fiéis; a progressiva secularização da vida social, imposta pelo humanismo renascentista; e a ignorância e o relaxamento moral do baixo clero favoreceram o desenvolvimento do grande cisma do Ocidente, registrado entre 1378 e 1417, e que teve entre suas principais causas a transferência da sede papal para a cidade francesa de Avignon e a eleição simultânea de dois e até de três pontífices. 

Uma angústia coletiva dominou todas as camadas sociais da época, inquietas com os abusos da Igreja, que exigia dos fiéis dízimos cada vez maiores e se enriqueciam progressivamente com a venda de cargos eclesiásticos. Bispos eram nomeados por razões políticas e os novos clérigos cobravam altos preços pelos seus serviços (indulgências), e nem sempre possuíam suficientes conhecimento de religião ou compreendiam os textos que recitavam. 

Com as rendas que auferiam, papas e bispos levavam uma vida de magnificência, enquanto os padres mais humildes, carentes de recursos, muitas vezes sustentavam suas paróquias com a instalação de tavernas, casas de jogo ou outros estabelecimentos lucrativos. Outros absurdos como a venda de objetos tidos como relíquias sagradas – por exemplo, lascas de madeira como sendo da cruz de Jesus Cristo – eram efetuados em profusão. Diante dessa situação alienante, pequenos grupos compostos por membros do clero e mesmo por leigos estudavam novas vias espirituais, preparando discretamente uma verdadeira reforma religiosa. 

O Luteranismo na Alemanha 

Na Alemanha, o frade agostiniano Martinho Lutero desenvolveu suas reflexões, criando a doutrina da justificação pela fé como único ponto de partida para aprofundar os ensinamentos que recebera. Segundo ele, "Deus não nos julga pelos pecados e pelas obras, mas pela nossa fé". Enquanto a concessão de indulgências como prática de devoção era entendida pelos cristãos como absolvição, a justificação pela fé defendida por Lutero não permitia atribuir valor às obras de caridade, opondo-se à teoria da salvação pelos méritos. Em 1517, Lutero publicou suas 95 teses, denunciando falsas seguranças dadas aos fiéis. Segundo diziam essas teses, só Deus poderia perdoar, e não o papa, e a única fonte de salvação da Igreja residia no Evangelho. Em torno dessa nova posição, iniciou-se na Alemanha um conflito entre dominicanos e agostinianos. 

Em 1520 o papa Leão X promulgou uma bula em que dava 60 dias para a execução da retratação de Lutero, que então queimou publicamente a bula papal, sendo excomungado. No entanto, Lutero recebera grande apoio e conquistara inúmeros adeptos da sua doutrina, como os humanistas, os nobres e os jovens estudantes. Consequentemente, uma revolta individual transformou-se num cisma geral. Na Alemanha as condições favoráveis à propagação do luteranismo se acentuaram devido à fraqueza do poder imperial, às ambições dos príncipes em relação aos bens da Igreja, às tensões sociais que opunham camponeses e senhores, e o nacionalismo, hostil às influências religiosas de Roma. 
O imperador do Sacro Império Romano-Germânico, Carlos V, tentou um acordo para tolerar o luteranismo onde já houvesse, mas pretendia impedir sua propagação. Cinco principados protestaram contra esta sanção, o que gerou o termo protestantismo. Sentindo a fragmentação cristã em seus domínios, Carlos V convocou a Dieta de Augsburg, visando conciliar protestantes e cristãos.

Dada a impossibilidade de acordo, os príncipes católicos e o imperador acataram as condenações, na tentativa de eliminar o protestantismo luterano. Após anos de luta, em 1555, os protestantes venceram, e foi assinada a paz, que concedeu liberdade de religião no Santo Império. Lutero morreu em 1546, mas permaneceu como grande inspirador da Reforma. 

O movimento luterano abriu caminhos para rebeliões políticas e sociais, não previstas por Lutero. Em 1524 eclodiu a Revolta dos Camponeses, composta em sua maioria por membros de uma nova seita, os anabatistas. Extremamente agressivos e individualistas, levaram às concepções de Lutero sobre a livre interpretação da Bíblia e reclamavam a supressão da propriedade e a partilha das riquezas da Igreja. Embora sustentando a idéia de liberdade cristã, Lutero submetia-se a autoridades legítimas, recusando-se a apoiar os revoltosos. 

Condenou então as revoltas e incitou os nobres à repressão. Os camponeses foram vencidos e o protestantismo se expandiu apenas para os países escandinavos (Suécia, Noruega e Dinamarca), sendo instrumento de rebelião dos burgueses e comerciantes contra os senhores de terra, que eram nobres católicos.