Comparando o padrão de construção de diversos organismos, muitas vezes é possível determinar o grau de parentesco e a seqüência evolutiva entre eles. Se compararmos, por exemplo, o sistema circulatório das cinco classes de vertebrados, vamos observar um aumento de complexidade dos peixes para os mamíferos, que é coerente com a evolução dos mamíferos. A embriologia e a anatomia comparadas mostram que nossos braços, as patas dianteiras dos mamíferos e as asas das aves têm a mesma origem embrionária. Os órgãos de espécies diferentes que tenham a mesma origem embrionária, embora apresentem funções diferentes, são chamados órgãos homólogos.

homologia: mesma origem embriológica de estruturas de diferentes organismos, sendo que essas estruturas podem ter ou não a mesma função. As estruturas homólogas sugerem ancestralidade comum.

A analogia refere-se à semelhança morfológica entre estruturas, em função de adaptação à execução da mesma função.

As asas dos insetos e das aves são estruturas diferentes quanto à origem embriológica, mas ambas estão adaptadas à execução de uma mesma função: o vôo. São , portanto, estruturas análogas.

As estruturas análogas não refletem por si sós qualquer grau de parentesco. Elas fornecem indícios da adaptação de estruturas de diferentes organismos a uma mesma variável ecológica. Quando organismos não intimamente aparentados apresentam estruturas semelhantes exercendo a mesma função, dizemos que eles sofreram evolução convergente.

Provas embriológicas – Comparando embriões de diversas espécies, observamos uma grande semelhança nos primeiros estágios do desenvolvimento embrionário.

Provas paleontológicas – São representadas pelos restos fósseis.

Órgãos vestigiais – São considerados órgãos vestigiais ou rudimentares aqueles que estão em via de desaparecer, pois perderam a importância inicial para a sobrevivência da espécie.

Adaptações evolutivas – São transformações involuntárias em uma espécie, que resultam numa melhor adequação morfológica, fisiológica, etc., para sobreviver numa dada região.

Adaptação convergente – Ocorre em espécies diferentes, não aparentadas, que evoluem para viver numa mesma região. Desta forma, podem sofrer adaptações muito semelhantes que as tornam, de certa forma, parecidas.