3. Gastrulação

O processo que forma a gástrula é denominado gastrulação. Tal processo consiste em transformações que ocorrem na blástula, formado a gástrula, que é caracterizada por ter duas camadas celulares.
No anfioxo, a gastrulação é do tipo embolia, que é simples e o tipo mais primitivo. Tal processo consiste no achatamento do pólo vegetativo, seguido da invaginação e profunda penetração na blastocela, até atingir o pólo animal. A blastocela vai desaparecendo gradualmente, e quando as duas camadas celulares se encostam forma-se uma dupla camada celular na gástrula, uma mais externa chamada ectoderma, e uma mais interna chamada mesentoderma. Essa última reveste o arquênteron, uma nova cavidade que é formada em conseqüência da invaginação. O blastóporo é um orifício, através do qual o arquênteron se comunica com o exterior.