Os órgãos genitais masculinos compreendem os testículos e os epidídimos (situados no escroto), os ductos deferentes, as vesículas seminais, os ductos ejaculatórios, a próstata, as glândulas bulbouretrais e o pênis. Todos esses órgãos são pares, com exceção da próstata, do escroto e do pênis, que são únicos.

Os testículos são órgãos pares e ovóides. Após a puberdade produzem os espermatozóides e secretam hormônio, que é responsável pelas características sexuais masculinas secundárias (pêlos, voz grave, massa muscular, ejaculação, etc.).
O epidídimo é uma estrutura em forma de C, a qual se prende ao testículo. Sua função é armazenar os espermatozóides.
O ducto deferente é um canal que leva os espermatozóides do epidídimo até o ducto ejaculatório.
As vesículas seminais são duas bolsas em forma de saco que produzem parte do líquido seminal. Têm aproximadamente 5 cm de comprimento.
O ducto ejaculatório é o canal por onde passa o esperma, que contém os espermatozóides e os líquidos das vesículas seminais e da próstata.

A próstata é composta por músculo liso, tecido fibroso e contém glândulas. Sua secreção é responsável pelo odor característico do sêmen. Localiza-se atrás da bexiga. Seu tamanho é variável, medindo transversalmente 4 cm, verticalmente 3 cm e tem 2 cm de profundidade.

As glândulas bulbouretrais são duas estruturas de forma arredondada que se encontram na uretra. Secretam uma substância semelhante ao muco, cuja função é limpar o canal da uretra por onde passa também a urina – cujo pH é básico – e neutralizar o pH do canal graças a sua composição ácida (ácido siálico), além de lubrificar o caminho dos SPTZs.

Os órgãos genitais masculinos externos são o escroto e o pênis.
O escroto é uma bolsa localizada atrás do pênis e dividida em dois compartimentos, cada qual com seu testículo e epidídimo. Freqüentemente, o compartimento esquerdo está um pouco mais baixo que o direito. A sua pele é fina, contém poucos pêlos e muitas glândulas sudoríferas e sebáceas.

O pênis é o órgão masculino da cópula. Sua ereção ocorre graças à entrada de sangue. Consiste em uma raiz e um corpo. A raiz é a parte fixa do pênis e o corpo é a parte livre ou pendular do órgão. A glande do pênis está separada do resto do corpo pelo colo da glande. Uma camada dupla de pele passa do colo para a glande, para cobri-la. É o prepúcio, retirado por cirurgia em alguns homens (circuncisão ou cirurgia de fimose).