Conforme comentado anteriormente, os sistemas vegetativos dos fungos podem ser constituídos por células individualizadas que se dividem por brotação (também denominado micélio gemulante ou leveduriforme) ou são filamentosos (hifas – micélio). 

A grande maioria dos fungos verdadeiros são filamentosos, não formam tecidos verdadeiros mas são encontradas diversas modificações do sistema somático, como:

1 – Anastomose – que é a fusão ou união de hifas por pareamento.

2- Ansas ou grampos de conecção – são alterações do sistema de septação encontradas principalmente em certos estágios dos ascomicetos e no sistema hifálico de vários basidiomicetos superiores. Estão, geralmente, associadas a um mecanismo de garantia para a manutenção do estado dicariótico.

3- Haustórios – organelas de morfologia variável, formadas no interior da célula do hospedeiro e destinadas à absorção de nutrientes, encontradas em um grande número de fitopatógenos biotróficos, inclusive ferrugens, oídios e míldios.

4-Clamidosporos – células com paredes espessadas ricas em nutrientes e substâncias de reserva intercalares no micélio somático ou em células de esporos clonais (conídios) de certos fungos. São destinados a garantir sobrevivência da espécie em condições ambientais adversas.

5- Rizomorfas – são feixes de hifas filamentosas e paredes espessas semelhantes a raízes, de onde provém o seu nome. São também destinadas a garantir a sobrevivência da espécie.

6- Esclerócios – formações caracteristicamente pletenquimatosas (oriundas da fusão das paredes das hifas), irregulares ou esféricas, produzidas por certos ascomicetos (Sclerotinia, Claviceps, etc. ) ou estados anamórficos de certos basidiomicetos. Como exemplo podem ser tomados os gêneros Rhizoctonia e Sclerotiurn relacionados com os basidiomicetos e incluídos em micélia sterilia por não apresentarem conídios.

7- Estroma – tecidos pletenquimatosos geralmente associados a frutificações assexuadas ou sexuadas de um grande número de fungos.Sistema reprodutivoConsiderando que a grande maioria dos fungos fitopatogênicos mais importantes é constituída por formas anamórficas ou imperfeitas e que apenas para uma minoria foi estabelecida uma conexão anamórfica-teleomórfica, nestas notas daremos ênfase apenas às modificações havidas recentemente neste grupo. 

Na sistemática dos fungos, que no passado eram incluídos na Classe Deuteromicetos ou fungos imperfeitos, era aplicada uma metodologia denominada artificial porque os dados morfológicos (formas) ou fisiológicos (coloração etc.), utilizados para a separação respectiva, nada tinham a ver com a filogenia.

Alguns comentários sobre esse tema de fungos de produção assexuada já foram considerados anteriormente no item Hipóteses de classificação dos Fungos. Os micólogos puros e ecléticos tendem, freqüentemente, a dar grande importância ao desafio de delimitar táxons que representem a maior exatidão possível das afinidades filogenéticas ou de parentesco.

Mesmo considerando que estes limites não existem na natureza, na qual houve uma evolução contínua e sem intervalos que autorizem uma separação ou limitação de grupos, é entendível que essa tarefa seja realizada por uma questão de necessidade de referência e de entendimento entre os componentes de uma comunidade, a Científica.

Por outro lado, os fitopatologistas tendem a valorizar a praticidade na arquitetura dos sistemas de classificação e a valorizar a estabilidade na aplicação dos nomes dos fungos fitopatogênicos. Um número elevado de fitopatologistas reclamam não haver qualquer esforço no sentido de conciliar os interesses de ambas as partes para que se chegue a um lugar comum.

A antiga classe "Deuteromycetes", ou fungos imperfeitos, é um bom exemplo de um grupo bastante complexo no que se refere a este conflito de interesses entre micólogos e fitopatólogos. No entanto, nas edições mais recentes dos livros-texto de micologia mundialmente mais utilizados por estudantes de nível superior, a abolição desta "classe" tem sido aceita.

Esta tendência também foi adotada na recente edição de 1995 do "Dictionary of the Fungi" editada pelo considerado "Imperial Mycological Institute" da Inglaterra, instituição que abriga uma respeitável equipe de micólogos reconhecida internacionalmente. Esta atitude conflita amplamente com o que contêm recentes livros-texto da área de Fitopatologia, trazendo uma certa ou enorme confusão na taxonomia e sistemática dos fungos fitopatogênicos.

O alcance destas alterações, sob o ponto de vista prático, entretanto, é pouco significante. Em substituição à Classe Deuteromicetos foi introduzido o termo fungo mitospórico aos fungos para os quais não foi possível uma correlação com qualquer estado meiótico ou teleómorfico e que se reproduzem somaticamente por simples mitoses.

Assim, fungos mitospóricos que já tiveram essa relação estabelecida com os ascomicetos ou basidiomicetos (teleomorfos) podem ser denominados anamorfos ou estados anamórficos desses grupos. 

De uma forma geral, para a maioria dos ascomicetos e basidionicetos, os estados anamórficos são desconhecidos; para vários deles os estados anamórficos não foram ainda reconhecidos e em outros, provavelmente antigos anamorfos, parecem ter perdido sexualidade e a fonte de variabilidade, substituída por outros mecanismos como a mutação e o ciclo parassexual.

A meta fundamental dessas mudanças sugeridas pelos micólogos teve por objetivo, simplesmente, eliminar qualquer possibilidade de que a existência de uma categoria taxonômica formal para fungos cuja sexualidade é desconhecida pudesse sugerir ou incutir a idéia incorreta de que esse grupo taxonômico pudesse abrigar formas com alguma afinidade de parentesco.